铁氟龙薄膜广泛应用在医用材料上，如手术服、手术巾、防护隔离服、消毒器械包裹材料、人造器官等。手术服除具有防护作用外，还应具有透气性和透湿性，这样可以保证医护人员在手术过程中既不受传染病人的血液感染，同时使穿着者感到舒适。目前已有不同程度的防护性和透气性的手术服，如身体主要部位（腹到胸、腕到肘）双层织物层叠的手术服、用铁氟龙薄膜复合的手术服及全薄膜层叠手术服。资料显示，在对500件手术服进行试验后发现，在抗血液渗透性方面，单层水刺非织造布手术服血液渗透感染率为9%，增强型非织造布手术服血液渗透感染率为5%，而采用铁氟龙薄膜复合的手术服只有为2%。在穿着舒适性方面，由于铁氟龙薄膜复合的手术服透气性和透湿性都较好，因此穿着同样舒适。
防护隔离服可以保护医护人员、消毒人员、清洁人员等免受像SARS等通过空气飞沫传播的病毒感染。目前，将PTFE铁氟龙薄膜加工成网络形和非对称形微孔，微孔变化范围在0.1~0.3μm之间，微孔薄膜通过机械截留、吸附截留、架桥截留以及内部截留等作用，将带有SARS病毒的载体（如飞沫、飞絮或粉尘）截留在薄膜表面和薄膜内部。据称铁氟龙复合膜层压织物的防护服为尽快控制SARS病毒的传播和扩散起到了重要作用。其综合防护性能达到并超过国家标准GB19082-2003的要求，防护效率大于95%，湿透量在8000g/m2*d以上，穿着舒适。手术巾是手术时防止血液和体液从皮肤周围倒流回伤口造成感染的医用材料，它是一块中心开孔的无菌薄膜，将其粘贴在开刀部位皮肤上，医生在其开孔部位实施手术。处于PTFE铁氟龙薄膜的高透湿性能，它既不会造成粘贴感染，又不会使粘贴区聚集湿气而使薄膜与皮肤脱离。同样当铁氟龙薄膜用于静脉注射部位敷料时，它还可以减少伤口部位被细菌感染，且长时间贴着敷料的部位也不会受到体液的浸渍。而不透湿织物的薄膜敷料及包扎材料，由于体液得不到散发，会因其诸如外伤口、手术伤口的细菌繁殖而导致伤口感染。PTFE铁氟龙薄膜对人体无负作用，又无毒，可广泛地作人体器官，如人造血管、心脏瓣膜等。